Je uznávaným expertem na problematiku dezinformací a konspiračních teorií. Ve svém výzkumu se zaměřuje především na analýzu dat ze sociálních sítí a jejich využití pro pochopení lidského chování. Byl jedním z prvních propagátorů digital humanities a nyní zkoumá možnosti využití umělé inteligence v oblasti humanitních věd. V roce 2014 získal ocenění Osobnost roku v anketě Křišťálová lupa. V roce 2023 byl součástí týmu, který získal slovenskou Novinářskou cenu za mapování ruského dezinformačního serveru News Front. 

Josef Šlerka se také podílel na mnoha výzkumných projektech, včetně OP LZZ a KREAS, a je aktivní v norské skupině THREAT-DEFUSER a projektu OP JAK Beyond Security: Role of Conflict in Resilience-Building. Během pandemie se stal spoluzakladatelem Centra pro modelování biologických a společenských procesů, které se zaměřuje na interdisciplinární využití modelování. V minulosti absolvoval akademické pobyty na univerzitách v Brémách a Ghentu.