Přestože první knihovnické kurzy byly pořádány již od roku 1918, samostatná katedra v rámci Filozofické fakulty Univerzity Karlovy byla založena až v roce 1950 coby Lektorát knihovnictví pod vedením PhDr. Jaroslava Drtiny.
Počátkem 50. let bylo možné studovat obor Knihovnictví s literárním, technickým nebo biologickým zaměřením, později přibylo také zaměření fyzikálně-chemické (přírodovědné). První výběrové přednášky se objevily již v 50. letech. První absolventi pětiletého denního a zkráceného čtyřletého dálkového studia zakončili studium oboru Knihovnictví v letním semestru 1956. Od roku 1952 bylo katedře umožněno přijímat vědecké aspiranty, což byla tehdejší forma postgraduálního studia.
Prof. Jiří Kábrt a jeho zástupce doc. Blahoslav Kovář se po událostech v listopadu 1989 vzdali vedení katedry. V tajných volbách učitelů a studentů byl novým vedoucím katedry zvolen doc. Jiří Cejpek, který se své funkce ujal v únoru 1990. Následně na přednáškách a seminářích ústavu vystupovali vedle zahraničních odborníků také ti kolegové, kteří nemohli v době totality z politických důvodů na katedře působit. V roce 1994 se dalším ředitelem ústavu stal doc. PhDr. Rudolf Vlasák, vedení ústavu poté v roce 2002 převzal PhDr. Richard Papík, Ph.D.
V důsledku porevolučních událostí byla přibližně na půl roku přerušena výuka a podobně jako po roce 1968 docházelo ke škrtům ideologických předmětů ve studentských indexech. Díky otevření hranic mohli studenti i učitelé opět cestovat do zahraničí, kde čerpali inspiraci od svých kolegů, ať už na akademické půdě, nebo prakticky v tamních knihovnách.
Doménou oboru se během 90. let stal nástup informačních technologií a práce s osobními počítači. Studenti měli možnost pracovat s webovými stránkami, prvními operačními systémy či běžně používat elektronickou poštu. Studium bylo rozděleno na informační, knihovnické a knihovědné zaměření. V roce 1996 byl opět akreditován postgraduální studijní obor Informační věda.
V roce 1997 započali studenti vydávat první oborový elektronický časopis Ikaros.cz, jenž vychází dodnes. Pedagogové Stanislav Kalkus, Richard Papík a Martin Souček v roce 2002 založili tradici tzv. letních seminářů (Prague Summer Seminar), které ÚISK FF UK realizuje ve spolupráci s prestižní fakultou knihovnické a informační vědy Univerzity Severní Karolíny v Chapel Hill.
V roce 2000 se ústav přestěhoval ze svého dlouholetého sídla v Celetné ulici do nových prostor v Praze 5 – Jinonicích, kde sídlí dodnes.
Historicky první ředitelkou a zároveň nejmladší vedoucí ústavu se stává někdejší studentka PhDr. Barbora Drobíková, Ph.D., která v roce 2012 nahradila po deseti letech ve funkci doc. PhDr. Richarda Papíka, Ph.D. Personální obsazení ústavu se rozrostlo zejména po roce 2006, kdy byl v rámci ústavu založen obor Studia nových médií. V současné době zajišťuje výuku více než čtyř set studentů přibližně dvacítka odborných pedagogů.
Informační věda se rozvíjí různými směry, ať už se jedná o analýzu sociálních sítí, čím dál jednodušší přístup k informacím, či digitalizaci dokumentů i samotného člověka. Společnost přijímá bouřlivý rozvoj nových technologií za svůj a mnohdy si už život bez nich ani neumíme představit. Pod vlivem informačních technologií se rozvíjí obsahová náplň výuky, zejména v oblasti informačního managementu, informačního průmyslu či vědecké komunikace.
V roce 2006 se studentům otevírá navazující magisterský obor Studia nových médií, o dva roky později znovu získává akreditaci knihovědné zaměření studia. Studia nových médií začínají v roce 2012 pořádat konferenci New Media Inspiration. A péčí studentů se v roce 2014 poprvé konala KOmunitní KONference KOKON, která představuje ty nejlepší projekty studentů a absolventů ústavu. Na podzim téhož roku vzniká poprvé v historii ústavu studentský spolek s názvem Librain.
Historii a vývoj ústavu podrobněji představuje retrospektivní výstava 65 let Ústavu informačních studií a knihovnictví na FF UK.
Historii ústavu a českého knihovnictví včetně rozhovorů s významnými osobnosti představuje článek Historie Ústavu informačních studií a knihovnictví UK.
V roce 2020 se Ústav informačních studií a knihovnictví přestěhoval z areálů Univerzity Karlovy v Jinonicích na adresu Na Příkopě 29. Historii budovy se můžete dočíst zde.