V České republice ÚISK spolupracuje s významnými knihovnami a informačními institucemi a profesními organizacemi mj. s Národní knihovnou ČR či Svazem knihovníků a informačních pracovníků. Ze zahraničních partnerů je významná spolupráce s profesní organizací IFLA (International Federation of Library Associations and Institutions), s institucemi University of North Carolina - Chapel Hill (School of Information and Library Science), University of Ljubljana (Faculty of Arts) nebo Hochschule der Medien in Stuttgart. Aktivně je také rozvíjena spolupráce s Univerzitou Komenského v Bratislavě (Filozofická fakulta).