Z oblasti informační vědy jmenujme např. projekt Interakce člověk-počítač v humanitních vědách v řešení 2006-2008. K nosným úkolům projektu patřilo: výzkum informačního chování pregraduálních a postgraduálních studentů a vědeckých pracovníků v humanitních vědách. Základní výzkum se orientoval na způsob vyhledávání informací, využívání elektronických informačních zdrojů a percepci informací z textu na fyzickém nosiči (kniha, tištěné periodikum) a na digitálním nosiči (zejména vzdálené báze informací přístupné pomocí Internetu), jejich porovnání.

Z oblasti knihovnictví a knižní kultury je významný projekt Informační systémy zpřístupňující knihovní celky osobností kultury jako součást kulturního dědictví řešený v období 2006-2009. Cílem projektu bylo vytvoření digitální knihovny, která zpřístupňuje digitalizované materiály z osobních knihoven výrazných osobností české kultury.

Studia nových médií v současnosti řeší výzkumný projekt Evropa 2045 - strategická online simulace pro podporu výuky základů společenských věd řešený společně s Matematicko-fyzikální fakultou UK v Praze. Základem výzkumu je mj. vývoj algoritmu pro řízení výukových scénářů.

Nejdůležitější publikační projekty
ÚISK připravuje knižní řadu Informační věda ve 21. století, která se bude věnovat teoretickým aspektům informační vědy v současnosti.